Die erste Orgel der Stadtkirche stand seit dem 15. Jahrhundert wohl im
nördlichen Seitenschiff über der Sakristei. Die heute zu sehende Orgel stammt jedoch von 1653: Der Celler Herzog Christian Ludwig spendete mit
dieser Orgel eines der seinerzeit bedeutendsten Instrumente in Norddeutschland, erbaut von Hermann Kröger und Berend Hus. Den prachtvollen Orgelprospekt schnitzten Ahrend Schultze aus Hoya und Andreas
Gröber aus Osterode. Nachdem die Stadtkirche im barocken Stil umgebaut war, investierte der Celler Herzog nochmals in das Instrument und dessen
prachtvolle Ausgestaltung: 1687 erhielt die Orgel zu Hauptwerk, Rückpositiv und Pedalwerk noch ein Brustwerk hinzu: 1697 erfolgte die reiche Vergoldung
und wohl auch die ungewöhnliche Bemalung der Orgelpfeifen.
Berühmte Kantoren und Organisten wirkten in dieser Zeit an der Stadtkirche und am Hofe, so Delphin Strungk
(1601-1694), Wolfgang Weßnitzer (ca.1615- 1698), Joh. Georg Kühnhausen (gest.1714) und Melchior Brunckhorst (gest. 1720).
Bis zum Jahr 1912 blieb die Barockorgel fast unverändert, lediglich wurden 1834 die Windladen ausgetauscht. Mit
dem Bau des Kirchturmes aber erschien das Werk nicht mehr Zeitgemäß: Es wurde abgerissen und durch ein
neues, spätromantisch geprägtes Instrument der Firma Furtwängler & Hammer ersetzt. Der Denkmalpflege hat
Celle jedoch den Erhalt der prachtvollen Fassade zu verdanken, hinter der die neue Orgel eingebaut wurde. 1969 wurde diese Orgel ersetzt durch eine viermanualige Orgel der Fa. Kleuker. Bedingt durch die
Stuckdeckensanierung der Jahre 1993-1999 musste die Orgel abgebaut werden. Da der historische Orgelprospekt
starke Schäden aufwies und das – künstlerisch eher mittelmäßige – Orgelwerk von 1969 ebenfalls schadhaft war,
entschied man sich für die Rekonstruktion der Orgel von 1687. In den Jahren 1997-1999 wurde das gesamte
Orgelgehäuse durch Orgelbaumeister Rowan West aus Ahrweiler in traditioneller Tischlerarbeit wiederhergestellt;
die historischen Teile wurden freigelegt und restauriert. In den Bautechniken der Schule Arp Schnitgers wurde
das klingende Orgelwerk rekonstruiert. Die historischen Prospekt- pfeifen wurden mit Zinnfolie foliert und wieder
auf den Originalklang zurückgeführt. Durch ein zusätzliches Hinterwerk, das auf Musik andere Stilepochen spielbar macht hat die Orgel nun 50 klingende Register auf 4 Manualen und Pedal.