Der Baubeginn der Stadtkirche St. Marien fällt zusammen mit der Verlegung der Stadt Celle vom heutigen Altencelle an die 4 km flussabwärts befindliche Allerfurt im Jahre 1292 unter dem Welfenfürsten Otto der Strenge.
Geweiht wurde das ohne Querschiff als gotische Hallenkirche errichtete Gotteshaus 1308. Bei einem Brand Mitte des 14. Jahrhunderts wurden leider wertvolle Urkunden vernichtet. Deshalb ist über Baumaßnahmen und die vorreformatorische Ausstattung der Kirche nichts überliefert.


Alle Ausstattungsstücke folgten einem Programm, das stark von dem bedeutendsten Celler Generalsuperintendenten Johann Arndt (1611 - 1621) beeinflusst wurde, der sich dabei ganz auf Martin Luther berief. So zeigt sich die Kirche heute als typisch evangelisches Gotteshaus im Geschmack des 17. Jahrhunderts, das nach Beseitigung der im 19. Jahrhundert eingefügten neugotischen Elemente trotz des schlichten Äußeren als ein im norddeutschen Raum bemerkenswertes Gesamtkunstwerk gilt.
An der Südseite der Kirche, zum ehemaligen Kirchhof hin, und auch an der nördlichen Außenwand wurden Kapellen als Leichenkammern und Erbbegräbnissen angebaut, die heute u. a. als Raum der Stille oder als Kirchcafé dienen.
Der 74 m hohe Turm entstand erst 1913/14. Von der etwa 50 m hohen Plattform genießt man einen herrlichen Blick über die Stadt und das weite Umland.